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首先，两者的发病原因不一样。
子宫在正常情况下是无菌状态，因为子宫颈是关闭的，而且有粘液堵住起“栓塞”作用(发情时粘液会排出而出现所谓“流白”)。所以，在怀孕35天以上死亡的胚胎，由于没有细菌参与腐败分解，死胎水分被吸收而成为“干尸”—木乃伊。
阴道通常是“有菌”状态，其中含有大量的有益菌如乳酸菌，使阴道处于一种酸性的“抑菌”环境，使存在的条件性致病菌也处于一种“平衡”状态而不致病。
子宫内膜炎——通常是子宫粘膜的粘液性或脓性炎症。其病因通常是在子宫颈打开的阶段，如配种、分娩及难产助产时，由于细菌的侵入而感染。
阴道炎——大多数是由于阴道酸性环境改变使阴道菌群平衡失调导致的，比如在应激、体质下降时，也可能因为阴道损伤而致其他细菌侵入而致。
其次，两者的发病表现不一样。
子宫内膜炎——多发生于配种后、产后及流产后，表现为粘液性及粘液脓性，呈黄色或脓样，母猪体温稍升高，食欲减少，有时出现弓腰、努责及排尿姿势，从生殖道排出灰白色混浊含有絮状物的分泌物或脓性分泌物。患猪卧下时排出较多。
阴道炎——通常是在交配、分娩、助产及阴道检查时，受到损伤和感染而发生，也可能是后备母猪在霉菌毒素中毒、免疫抑制性疾病、亚健康状态，加之环境潮湿、卫生条件差等情况下阴道菌群平衡失调而发生。母猪从阴门流出的炎性分泌物，其分泌物量少而浓稠。常附着于阴门周围、尾根及臀部，阴道粘膜出现肿胀、充血、疼痛等，有时因为瘙痒而摩擦墙壁、栏杆。
第三，两者导致的危害不一样。
子宫内膜炎——由于炎症产生的不适，可能引起不发情，即使发情配上种，也由于炎症所产生有毒物质可能致死精子和受精卵，而易导致母猪不孕。
阴道炎——因为母猪阴道肿胀、疼痛而可能拒绝交配，但配上种后，一般不会引起胚胎死亡而致不孕。
