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猪只的健康状况除了外部环境之外，其内部因素——自身的免疫能力也是至关重要的。猪只的免疫能力与营养的关系十分密切。动物在当环境温度发生很大改变和因病原菌的侵入而需要启动免疫系统时需要消耗大量的能量和营养。从管理猪的角度来看，确保猪舍平衡及适当的环境温度，可以使猪只的健康状况良好，从而降低猪场的管理费用。
呼吸道疾病对养猪成本的影响
呼吸系统疾病会降低生产性能和产肉量10-50%，影响程度依养猪生产系统、病原和给药方案的不同而异。引起呼吸系统疾病的病原包括支原体、胸膜肺炎放线杆菌和PRRS病毒。它们会引起肺泡破裂融合、胸膜炎和脓肿。生产管理方式、早期隔离断奶、通风状况和存栏密度等都会影响疾病在不同猪群间或同群猪内传播。
注射疫苗可防止或延迟呼吸系统疾病的出现，接种支原体疫苗和胸膜炎放线杆菌疫苗对提高猪群的整体表现效果明显。在一个接种支原体疫苗的试验中，接种疫苗的猪比未接种的猪改善生产效率可达31.1%，所生产的猪肉更能满足市场需要。
抗生素如四环素、泰乐菌素通常用于治疗出现临床症状的猪。通过注射或通过饲料或饮水喂给动物。网友介绍，试验曾用金霉素混于饲料中饲喂给猪以控制支原体病，结果22周出栏时，经过治疗的猪比未经治疗的猪重23kg，即使算上所花的药费，生产者仍可获得1：8.5的投入产出比。
消化道疾病对养猪成本的影响
消化道疾病可发生在任何年龄的带有病原菌的猪身上，这类疾病能影响不同年龄的猪群。刚断奶的仔猪会受不同血清型的大肠杆菌感染。10-14天的小猪也会感染球虫病。进入生长阶段的中猪可能会受劳森氏菌、多毛短螺旋菌等病原菌感染而发生痢疾。饲料中的营养成分对预防这些疾病起了很重要的作用。能量水平、病原微生物和饲料酸性会影响断奶仔猪的腹泻病，饲料中含有适量的纤维素也可降低痢疾的发生。饲料颗粒大小会影响肠道溃疡的发生率。
口服或注射疫苗可防止多种消化道疾病。抗生素如金霉素、新霉素、阿莫西林、泰乐菌素、杆菌肽和安普霉素可控制这些疾病。许多试验表明，金霉素以20mg/kg体重的比例添加了饲料时对控制猪回肠炎十分有效。
随着科学研究的发展，还可通过遗传方式控制胃肠道疾病的发生。
生殖疾病对养猪成本的影响
繁殖是猪场管理中最关健的环节之一，繁殖效率主要取决于受精率、同窝仔猪数和空怀天数。而这些生产指标都受母猪管理、营养、遗传、疾病，及公猪生育力、精子质量、环境和管理因素的影响。母猪管理方案如子宫颈处理、公猪采精和受精前后的处理、确保母猪的适当体型及怀孕、妊娠、哺乳各期的营养方案对母猪的繁育能力都会有显著的影响。
影响繁殖效率的重要原因是与生殖有关的各种疾病。为了确定造成繁殖效率低下的原因，猪场管理者须熟悉和了解影响繁殖性能的各种疾病。常见的疾病有钩端螺旋体、细小病毒、伪狂犬病毒和PRRS等。治疗繁殖疾病，不仅要鉴定和处理病原，还要查出造成感染的可能途径。治疗方案包括使用金霉素，或在产仔后肌肉注射前列腺素F2α以阻止残留胎膜引起的感染，以及使用各种相应的疫苗。
由于猪的繁殖能力的提高，每窝产仔数会增加，所需母猪数减少和母猪饲养的固定成本减少。但是，由于每窝仔猪数增加，可能造成空间不够和由此引起的生长速度减慢、需要额外的劳动力及出栏重可能会下降。
