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使用研发的病原富集纳米孔宏基因组测序方法，使得疑难杂症的诊断有了新的工具，同时该方法同样适用于猪场的健康监测，对猪场中存在的致病病原微生物及条件致病病原微生物进行调查，以逐步采取净化措施，减少致病病原微生物。指导猪群的免疫、治疗、引种后病原的驯化及猪群跨场调运等工作。
本案例为猪场呼吸道疾病的健康监测，猪群呼吸道症状明显，已知有繁殖与呼吸道综合征病毒（PRRSV）感染，但为了更好的了解猪群中存在的病原，挑选有呼吸道症状的产房仔猪及保育猪进行解剖，取肺组织进行宏基因组测序。
宏基因组测序结果如下图：
测序结果显示猪群中存在：圆环病毒2型、猪细小病毒、PRRSV、肺炎克雷伯菌、多杀巴氏杆菌、副猪嗜血杆菌、鼻支原体及猪链球菌，其它细菌应为采样时环境污染所致，如肠道沙门氏菌经常可在粪便污染的样品中检到，肠道沙门氏菌种类很多，多为非致病性沙门氏菌。
圆环病毒2型可造成猪群的生长缓慢，特别是有其它疾病的猪群，本病例中病理切片显示圆环病毒造成了明显的病理损伤，淋巴结淋巴细胞流失、出现多核巨噬细胞（如下图）。
猪细小病毒可导致繁殖障碍，木乃伊胎，猪群中虽存在细小病毒（仔猪及保育猪中发现），但做好后备猪、母猪的驯化和疫苗免疫就不必过分担心。
PRRSV应为造成呼吸道症状的主要病毒，病理切片也可见相关损伤，测序结果表明为NADC 30 毒株，为国内流行较广的毒株。
肺炎克雷伯菌对猪致病力较弱，可不用考虑。
多杀巴氏杆菌，是参与造成猪萎缩性鼻炎和肺炎的病原菌。
副猪嗜血杆菌和猪链球菌均可造成猪的细菌性肺炎及多发性浆膜炎，不同血清型毒力有所差异。本案例中的肺组织也通过细菌培养分离到大量猪链球菌。
鼻支原体致病力较弱，经常可以检测到，偶尔可造成猪的结膜炎、肺炎、浆膜炎。
病理切片显示肺部PRRSV和细菌共同造成的损伤，间质性肺炎、细菌性肺炎（肺泡及细支气管中大量炎性细胞）。
本案例中使用宏基因组测序(24小时内完成检测），对猪场存在的呼吸道病原进行了全面检测，PRRSV及多种细菌是造成呼吸道症状的主要原因，病原全面筛查为之后的治疗、免疫及健康管理方案的制定提供了依据。
宏基因组测序可应用于各种健康状况的猪群，筛查猪群中存在的病原微生物，便于兽医和猪场管理者改善猪群健康状况。(病理部分由恩睿康的张建刚提供)
