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近年来，开始考虑用小麦代替玉米喂猪，因为因为玉米霉菌污染给养猪生产特别是母猪繁殖性能造成了很大的不良影响。玉米胚大，水分大，一般新收获玉米的水分在20%到35%，并且吸湿性强，使储藏稳定性大大降低，带菌量大，容易酸败。
玉米赤霉烯酮具有雌激素样作用，能造成动物急慢性中毒，引起动物繁殖机能异常甚至死亡，可给畜牧场造成巨大经济损失。虽然玉米赤霉烯酮也会对小麦有污染，但玉米中玉米赤霉烯酮的检出率为45%，最高含毒量可达到2909mg/kg，而小麦的检出率为20%，含毒量为0.364到11.05mg/kg。这只是其中的一项，其实在大部分菌种污染中，玉米的受染程度都相对较高。
而小麦除了受污染程度低之外，在营养方面来看，作为饲料原料还有诸多优势。跟玉米相比，小麦的蛋白质和氨基酸含量要高出5%，非植酸磷含量要高出0.11%，可以节省一些蛋白质、磷酸氢钙的使用成本。另外，小麦的粗脂肪含量比玉米低1.99%，在一定程度上改善肉胴体品质。同时，小麦比玉米生长周期长，杂菌相对较少，有利于生猪的健康生长。
需要注意的是，小麦作为饲料原料时也有一定的缺点，如小麦中含有较多的抗营养因子——非淀粉多糖，因此，小麦的消化能较低，所以，在替换玉米为小麦时，需要添加一定的小麦复合酶。为了使饲料营养成分达到平衡，开始部分替代玉米，保育猪日粮中玉米的30%到40%、生长猪40%到50%、育肥猪60%到70%，小麦总比例在20%到30%时，普通型小麦复合酶饲料添加量为每吨500克到600克，随着小麦的添加量增加，小麦复合酶的比例逐渐调高，到小麦代替全部玉米时添加量在每吨1公斤。另外，小麦部分代替玉米可有效节约部分蛋白原料如豆粕，但豆粕的用量下降会导致赖氨酸、苏氨酸等含量下降，为了达到氨基酸平衡，这时需要添加人工合成的氨基酸。
