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内部生物安全程序的目的是控制或根除在猪群中出现的疾病。它也分为建筑和操作两部分。建筑部分包括设备设计、生产流程（比如转移仔猪的通道不会用来转移母猪）等。操作部分包括人员移动、疫苗接种计划、标准作业程式等。
生物安全更需要与时俱进，只有不断改变，才能做得更好。比如新的病原菌进入养殖场，那必须改进；比如活的动物进入猪群，那么动物至少隔离6周才能转移。需要采血和接种，保证后备母猪的抗原抗体情况与母猪群相同，才能成功引入；比如外籍员工工作时，须遵守指南。注意个人卫生。抵达丹麦后，清洗衣物。不可携带食物进入丹麦；比如动物转移。直接从圈舍转移，这是高风险的。通过转移室转移，这是中等风险的。远离养殖场的个人车辆转移，这是低风险的。
图1 低风险猪只转移
图1中，猪场一般拥有自己的猪只转移车。他们用转移车把猪只转移到转移室，然后经由斜坡进入外部卡车中，完成猪只的转移。转移过程中，人员严格遵守转移区域划分：员工把猪只送入转移室，只能在农场活动。卡车司机只能在大门和卡车之间活动，将猪从养殖场的大门转移到车上。在装载过程中，员工不会在斜坡上移动。并检查猪只是否健康（跛脚、疝气、），防止转移猪只进入猪群。经常清洁转移斜坡。员工应该与卡车司机保持最少的接触。
在丹麦，猪只具有标识和可追溯性系统，通过猪的识别系统和生产程序，我们能够证明所生产的猪是丹麦血统。所有用于生产的猪必须是丹麦血统。猪只的进出必须在7天内于CHR登记在案。这些追溯系统使得猪只来源清晰，一旦下游育肥场发生问题，都可以查到源头，从而进行源头控制。
高水平的卫生是内部生物安全的关键。在疾病管理方面，请牢记一个最重要的事情：清洁是必不可少的。适当的清洗来消除绝大多数的微生物有机体，在使用消毒剂之前是非常必要的。在丹麦，一般使用清洁7步法：（清水）浸泡、粗洗、（发泡剂）皂洗、精洗、低压冲洗、消毒、干燥。总共历时32～38小时。
清洗消毒中，干燥很重要。我们知道，干燥的情况下，地板上的小洞是不能有水的。如果室外温度超过20度，则需要通过通风来降低湿度。小于20℃则需要加热。重要的是在通风开始前加热，因为暖空气携带更多水分！当地板和室温相同时，圈舍就是干燥的！
如果不能水洗或者不能提供水洗时，为了降低感染压力，许多丹麦养殖场会使用干粉消毒剂。
最后，需要谨记的是：我们做好生物安全的目标是尽可能远离病原菌。健康的动物，生产性能更好。保持细菌和病毒在低水平上是非常重要的。
