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本文利用基因组学、进化学和系统地理学方法，揭示了猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）的源群体、基因重组、起源时间、进化速率和传播历史等重要的进化和流行病学方面的信息，为PEDV和其他冠状病毒的控制和预防提供了依据。
具体方法和结果为：
从中国8个省市收集了11年（2011-2021年）临床上出现猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarthea,PED）症状的猪粪便和肠道组织样本149869份。经荧光定量PCR检测发现，PEDV是主要病原体，在11年的时间里，感染阳性率一直稳定保持在>40%。猪轮状病毒（Rotavirus, RV）和猪德尔塔冠状病毒（Porcine deltacorona virus,PDCoV）的感染率较低（分别为1-20% 和0-14%）。在总样本中，3.21%的样本显示PEDV、TGEV (Transmissible gastroenteritis virus，猪传染性胃肠炎病毒)、RV、PDCOV 或SADS-CoV（Swine acute diarthea syndrome coronavirus，猪急性腹泻综合征冠状病毒）的混合感染，而31.28% 的样本仍未确诊。进一步测序了74568个确诊PEDV阳性样本，获得了65个PEDV全基因组序列。测序后的基因组根据采集样本的地理区域进行命名，并根据进化树进行初步基因分型，只有1株PEDV(GDSO9)基因型为G1，其余64株为G2基因型。
根据统计各区的毒株数量发现美国、中国、欧洲和韩国是排名前四的地区。又对来自四个地理区域（中国、韩国、美国和欧洲）的PEDV分离株序列同源性进行比较分析，结果显示中国分离株与其他三个地区分离株的序列有明显差异。鉴于中国和韩国都已上市PEDV商业化疫苗，这类疫苗的使用是否影响了两国PEDV的演变值得思考。
对疫苗上市前后GenBank中已有PEDV序列的分析显示在仅考虑G2毒株的情况下，疫苗大大提高了中国（之前：每年每个位点4.75×10−4个突变，之后：每年每个位点1.30×10−3个突变）和韩国（之前：每年每个位点1.89×10−4个突变，之后：每年每个位点6.33×10−4个突变）的病毒进化速度。总体而言，这些数据表明全球G2毒株的进化速度快于G1毒株，这一现象可能与PEDV 疫苗的使用有关。
为了探索PEDV在全球范围内的时空传播路径（见图1），使用BLAST软件分析，结果显示欧洲、亚洲和美洲是该病毒在世界范围内传播的主要枢纽，在欧洲和亚洲之间以及欧洲和美洲之间发现了很强的传播联系。其中，德国是PEDV在欧洲的输出中心，罗马尼亚是欧洲PEDV的输入中心。在亚洲，日本被认为是PEDV的输入和输出中心。连续系统统计结果显示，PEDV早期主要在欧洲传播，随后传入亚洲，并在中国、韩国等亚洲国家广泛流行。
图1 PEDV毒株在世界范围内的时空传播
对PEDV在中国随时间变化的有效种群规模的分析表明，该病毒在2010年迅速扩大。此后种群规模一直保持在较高流行水平。在中国该病毒主要由北向南传播，其中江苏及其周边省份（如广东、广西、湖南、河北和山东）的传播联系较强。湖北是全国PEDV的输入和输出中心，与11个省份的传播联系较强。综上，本文的研究结果为PEDV的流行病学、进化和传播提供了新的见解，从而为PEDV和其他冠状病毒的预防和控制奠定了基础。
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