最近几年食品安全和养殖环境污染一直是民众关心的话题，在大的背景下种养结合就以同时解决了食品安全问题和环境污染问题得到了很多农业、畜牧业从业者的认可。而在种养结合中有一项重要的工作就是畜禽粪便的发酵，只有发酵过的畜禽粪便才能最大限度发挥有机肥的优势特点。
在我国农村自古就有使用农家肥肥田的习惯，后来随着化肥工业的发展，化肥以其起效快，作用好的优势快速取代了农家肥的地位。但最近几年随着人们对食品安全的重视，有机肥的使用再次得到了农业工作者的重视。而有机肥的重要原料就是畜禽粪便，所以很自然得就将养殖和种植联系在一起，而种养结合模式也以畜禽粪便为纽带快速发展了起来。在使用畜禽粪便中有一项重要工作，或者说种养结合的关键点就是畜禽粪便的发酵。
为何畜禽粪便需要发酵后才能使用？
1）寄生虫等微生物，根据统计畜禽粪便中还有大量的大肠杆菌、链球菌等有害细菌，还含有线虫等寄生虫，直接使用很容易使这些细菌、寄生虫以及寄生虫卵经过蔬菜水果等而传播，若直接食用这些农产品就会对人体健康产生影响。
2）有机物二次发酵，虽说畜禽粪便已经经过了消化，但动物无法将其中所有的有机物消化干净，而这些有机物若直接入田，不仅不能被植物直接利用，反而会造成“二次发酵”，发酵产生的大量热能就会对植物的根系造成损伤，引起烧根、烧苗现象。
3）肥效缓慢，虽说有机肥都是以底肥的形式使用，希望肥效缓慢释放。但未经发酵的畜禽粪便中的主要成分都是有机物，植物是无法直接吸收利用的，就导致肥效及其缓慢，而达不到施肥的效果。
畜禽粪便发酵后的好处
1）灭菌、杀虫。畜禽粪便在发酵过程中会产热，而这些热量可以有效杀死畜禽粪便中含有的寄生虫卵、寄生虫和病害菌，防止危害农作物和传播疾病。
2）提升养分。畜禽粪便在经过发酵后其中的大分子物质被分解为可被农作物直接利用的小分子物质，提升有机肥中的养分含量，提高肥效。
3）防止烧苗。因粪便中的有机物已经被充分发酵，入田后不会再进行二次发酵，就会有效保护农作物，防止烧苗现象。
4）除臭。粪便在经过发酵后，其中的臭味物质也被分解，使得发酵后的有机肥没有臭味，更有利于储存和使用。
畜禽粪便的发酵注意事项
1）上封下浅
上封是说上方需要封闭，最好不要露天，因研究发现露天发酵会导致氮元素的大量损失，若是自然发酵薄膜覆盖效果更好，若是使用发酵剂发酵，则最好使用透气性好的草帘覆盖。下浅的意思是粪坑的深度宜浅不宜深，过深坑底温度低，透气性差，不利于粪便的充分腐熟。
2）建议使用添加剂
可以使用草、土等同粪便拌匀一起发酵，这样不仅增加了有机肥的数量，还可加快肥料腐熟的速度，另外还可起到“以土保氮”的作用。
3）推荐使用发酵剂
将1kg发酵剂同5kg玉米粉混合均匀，然后将混合物均匀撒在3吨的新鲜畜禽粪便上，并将粪便拌匀，但要求粪便中的含水量为60-65%之间（手抓无料，手指留有水印但不滴水，落地散开即可）。另外需要注意发酵堆不宜过小也不宜过大，一般1.2-1.5米高，2-2.5米宽，2-4米长为宜，而且在发酵过程中要翻倒2-3次，可加快发酵温度，理想的话一周即可发酵完成。
